Eesti Puuetega Inimeste Koja tegevuse põhieesmärk on olla puuetega inimeste valdkonnas tehtava töö üleriigiliseks koostöö- ning koordinatsiooniorganiks. Eesmärgi saavutamiseks teeb Koda koostööd EV võimu- ning valitsusorganitega. Koja tegevuses lähtutakse Eesti Vabariigi invapoliitika üldkontseptsioonist.